满月的命运——齿轮转动的新月之夜。 世界上的魔力消失后近1000年的时间过去了，魔法已经完全消逝于人们的记忆之中。在这样的世界里生活着的开朗活泼的高中生小日向满月。虽然过着积极向前的生活，但心里还是有些不安。自己什么也不擅长——。不擅长学习和运动的她，憧憬着只有自己能做到的“什么”。 在夜月感觉上特别大的满月之夜，她和一个以月为名的少女、新月艾尔涅丝塔深海相遇了，这也是她和魔法人偶“阿尔玛诺克斯”...

生于大海，守护大海，去往大海—— 那就是蓝色人鱼！ 憧憬着守护海洋安全的职业“蓝色人鱼”进入横须贺女子海洋学校的岬明乃，被任命为航洋舰“晴风”的舰长，和同班的成员一同参加海洋实习。 本应是驱动舰船前往目的地的安全航海，但等待着她们的却是接连不断的危机。来自教员舰突然的发炮、与失控的其他学生舰的战斗、救难船的救护活动等等，她们历经千辛万苦地跨越了这种种困难，终于平安返回陆地，成员之间也由此结下了牢固...