朝霧陽子是個17歲的普通女子高中生，對心愛的少年一直不敢告白的她試著做了一首曲子，想在完成時下定決心告白。但完成後她卻還是不敢與對方說話，就在兩人擦肩而過之後陽子突然跑到了另一個世界。在另一個世界有人突然奪走了她的隨身聽，裡頭有錄有她做的曲子的錄音帶。隨後她就遭到人追殺，這時她突然被一朵花吞入而後換上鎧甲與對方戰鬥。在陽子的身上究竟發生了什麼事呢？...

宝可梦广场是为宝可梦而准备的游戏场所。皮卡丘、波克比、杰尼龟，还有一些大家熟悉的宝可梦们，都在那里快乐游玩。但，皮卡丘与杰尼龟等同伴因为小事跟别的宝可梦吵起来，吵醒了在睡觉的波克比，也引起了一场意外.........

小智（松本莉香 配音）来自真新镇，他的目标是要成为神奇宝贝顶级训练师。在即将展开训练师旅程的一天，因为迟到，他并没有拿到初始的小精灵。大木博士（石冢运昇 配音）见状，便送了一只不愿进精灵球和非常调皮的皮卡丘给这位失落的年轻人。于是，他们俩便踏上了精灵宝可梦的旅程。在旅途中，他们的之间的隔阂逐渐打破，并认识了同行的伙伴诚子（佐藤刊里 配音）与宗次（本乡奏多 配音），并听到了有关凤王的传说。“受到虹色...